在电子税务局申报第三季度财务报表时，应当使用9月份生成的资产负债表和利润表期末余额的数据，而不是直接填写9月份生成的数据。因为9月份生成的资产负债表和利润表期末余额的数据，包含了6月份到9月份的数据，是一个完整的财务报表数据。只有使用9月份的数据，才能保证填报的财务报表数据是准确的，准确反映了企业财务状况。 另外，在申报第三季度财务报表时，应当注意一些特殊情况，比如9月份受倾销影响，可能出现商品存货科目贷方增加、其他应收帐款等科目减少的情况，以及出现营业外支出或其他的特殊情况。这些特殊情况应当及时上报电子税务局，以确保所报财务数据的准确性。