要查出来公司开出去的发票有没有让对方抵扣，现在要起诉对方，最好去财务部门询问，财务部门可能根据凭证编号登录经营单位税务系统，查询到该发票是否已经抵扣，而且通过税务系统可以查询发票的所有发票信息，可以准确无误地确认发票是否被抵扣。 另外，如果该发票是以纸质形式发出的，那么也可以联系发票票据收集者，查询到该发票是否已经被对方抵扣，以及发票的真实有效性和正确性。此外，还可以联系发票开具方，查询发票的开具时间，验证是否存在以后抵扣的情况。 总之，若要确认发票是否被对方抵扣，最好是联系财务部门或税务系统，以及发票票据收集者和发票开具方，了解发票的真实情况，以免出现让对方能够抵扣发票的情况发生。