手撕发票的存根联是应该单独保管。因为发票经过税务机关登记后，存根联即成为税收凭证。存根联与主联才具备税收凭据的功能，只有将发票存根联和主联一起保存，才能够体现发票的税收功能，单独保管会节省空间，易于查找，方便归还或者提供给相关方进行检验。 拓展知识：存根联的具体用途是：用于出纳人员验收账款，作为审计和税务机关审查的凭证和记录，用于关联核对发票的购买者的购买细目，以及对货物提供者的货物服务。另外，存根联在日常账务中也是重要的记录资料，可以用来检验收支明细，核实账簿和发票是否一致，以及查询收支明细等。