是的，小规模纳税人可以选择在有限责任公司自然人独资的基础上注册小规模纳税人。小规模纳税人是针对特定行业中经营规模较小的企业等实施的税收政策，可以享受一些税务优惠政策，简化企业税务和会计制度。小规模纳税人的注册程序一般分为一般税收登记、小规模纳税人认定和企业所得税备案三个环节。 拓展知识：小规模纳税人在计算及备案企业所得税时，可选择按照“ 工资薪金收入6个税率”或者“统一税率”计算，一般纳税人只能选择统一税率计算。小规模纳税人的货物及劳务收入免征增值税。小规模纳税人不缴清或者不缴纳企业所得税的，税务机关可以减免或者免除滞纳金。