首先，根据税务管理规定，增值税留抵退税不仅影响增值税，而且影响附加税。由于附加税是增值税原始税额的一部分，所以当增值税减少时，附加税也会相应减少。例如：上面您说的情况，您公司应纳税额为增值税5万，附加税6000元，增值税留抵退税为2万，因此相应的附加税也会退回2200元（6000-2200=3800）。因此，增值税留抵退税影响的不仅仅是增值税，而且也会影响附加税。 拓展知识： 增值税的核定抵扣和现金抵扣，对税务税负有重要影响。根据《中华人民共和国税收征收管理法》，纳税人可以申请将本期应纳税额抵税，抵税以税收征收管理机关出具的证明为准，可以同时抵扣增值税、附加税、教育费附加税和地方教育附加税。