您的凭证记账操作是正确的。小规模纳税人免征增值税，开具的发票4000元，税额为负数负39.64元，应该记账“借增值税负数39.64元”，“贷营业外收入负数39.64元”。 通常情况下，小规模纳税人的增值税税额为0，只是由于这次购买商品的税率为1%，所以开出的发票上的税额就出现了负数，需要进行记账处理。 需要注意的是，小规模纳税人不抵扣进项税，也就是说他们在缴纳税款时，不能看到所有的增值税抵扣，只是购买的商品直接付税，以此来减少企业的税负。