对于小规模纳税人，在合并申报企业所得税时受到500万开票金额限制的影响，主要取决于当年该企业开票金额是否超过500万元。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定，小规模纳税人合并申报企业所得税，其中当年累计销售额或者累计采购额不超过500万元的，可以单独申报企业所得税，而不受到合并的限制，也不需要进行合并申报。因此，若总公司的开票金额在连续12个月里都不超过500万元，则总公司不受到合并申报企业所得税的影响，可以单独进行申报扣除。 在进行合并申报时，企业要确保按照相关税务部门的要求，准确无误填写申报表。申报表一般包括企业收入、税后利润、减免税额等记录，并需要提交账务凭证、报表、和税务机关要求的其他资料，以便进行审核、核实。此外，合并申报企业所得税时，企业还可以获得一定的减免税额，从而减轻企业的财务压力。