农村专业合作社开的发票可以根据不同的收费自行确定开具的是专用发票还是普通发票。一般来说，如果收费金额超过200元，就必须开具专用发票，如果金额低于200元，则可以开具普通发票，但收费金额超过200元时仍可以开具普通发票，在开具普通发票时需要注明“已开发票金额”字样。此外，无论何种收费方式，收费款项必须出示正确有效的发票，并要求付款方在付款时开具发票，以便财政部门审核使用，保证其合规性。 拓展知识：目前，农村专业合作社的发票开具，主要是根据财政部门的有关规定，建立发票管理系统，使发票管理及时、准确、完整，以免浪费发票以及减少发票改印现象。此外，为加强发票管理，还要加强检查，及时发现发票异常，切实做好日常管理和跟踪把关。