拨付农村公路应急工程款入账时，可以采取财政专项资金直接入账，即不经批准程序直接入账；可以采取非专项资金经批准手续入账，即按照国家关于财政预算管理，财政预算经费使用和全额拨付制度，及财政部、财政厅税务局发出的有关规定进行入账。 除此之外，在拨付农村公路应急工程款时还要注意地方财政的调剂往来收支的审批手续及外汇管理等问题，需要按照国家有关规定进行处理，以保证资金的正常使用。此外，还要注意相关负责人的责任分工，建立起良好的稽查系统，加强资金使用的管理，有效地防范和控制各种损失。