根据水电费的约定，可视情况考虑将水电费部分从结算款中直接扣除。如果双方签订了合同，则合同中应有明确的条款，条款应符合当地法律法规，如果没有详细规定，可以就水电费款项进行另行谈判，依据双方协商协议操作。在具体执行水电费结算时，可根据当地的政策方案，合理的向双方收取水电费用，而不是一概而论。 另外，建筑工程水电费的收取，有一个非常重要的因素是依据。建议在施工前，应当提前与水电公司联系，了解当地水电费收取机制及相关政策，以避免施工过程中出现不必要的矛盾状况。通常，施工经过应向当地水电公司申请水电检查及水电抄表，以作为施工结束时的结算依据。