根据财税201737号，一般纳税人从小规模纳税人处取得的增值税专用发票，可以根据农产品销售发票或收购发票注明的农产品买价和9%的扣除率，计算抵扣。这与在实际纳税申报表上的3%的进项税有冲突。所以，在进行纳税申报时，一般纳税人应该按照3%的进项税发票进行抵扣。因为：一是3%的进项税发票抵扣比9%的抵扣更紧急，二是增值税的抵扣受到发票转让限制，三是农产品的抵扣要求有限，只有特定的商品才能享受抵扣。 另外，作为一般纳税人，税务申报应该认真履行税务纳税义务，务必确保实际纳税申报表上的进项税抵扣，以及支持实际的可抵扣的材料，避免被税务机关拒绝减免税的风险。 拓展知识：税务机关认定的纳税人在实际征税过程中，应按照国家规定及时陈述实际情况、提供有效证明材料，采取正确的税务申报策略，以避免可能发生的税收纠纷。