确认收入的时候，应当按实际收到的款项来确认收入，而不是在流水中体现的往来过程，因为流水中只能反映出实际到账的金额，而平台自动扣除的佣金不算在实际到账款中。另外，电商公司应该保证收入有效到账，完整记录扣除佣金的数据，完善其帐务流程，提升财务管理水平，并鼓励帐户使用者正确管理帐户中的正确金额。即使电商公司进行收费，但由于收费比较高，正确的记账方法也应当保持一致，以免影响收入计算和报表显示等。此外，为了便于财务业务的记录和核算，建议开发一套收入管理系统，该系统可监管和追踪收入的全部流程，以实现更有效的收入管理和核算。