通行费电子发票的抬头公司应该是车辆所属的公司，而车牌号可以是员工的私家车。通行费可以作为费用抵扣，具体抵扣比例则要根据企业的会计制度决定，也可以根据税务管理的有关文件而定。平时员工出差用自己车，可以根据行政管理部门的要求准备相关材料，按照国家有关规定申请费用补贴，一般申请补贴后可以将费用抵税。 拓展知识：在采购和销售过程中，相关公司可以自行决定是否开具发票，实行发票管理也是企业的一项责任。如果需要开具发票，一定要填写发票的抬头公司，填写发票内容，及时发放发票给客户。这是国家规定，也是企业会计核算的重要依据，发票管理工作是企业做好内部财务核算的基础。