根据《中华人民共和国涉税案件受理程序法》，减免税款是税务机关向纳税人减免某项应缴税款的行为，减免的前提是纳税人的税款构成合法，完全符合相关税收征收程序规定。根据《中华人民共和国企业所得税法》《中华人民共和国增值税法》的相关规定，增值税和企业所得税，在减免税款时，可以根据相关法律法规规定，和税务机关签订减免税协议，对预缴税款进行留底，所需操作步骤如下： 1、准备相应材料。纳税人在申请减免税款时，应准备申报表格、财务报表、税收调整凭证等相关材料。 2、提交申请函。纳税人应将准备的申报表格等材料，按照规定的要求，提交税务机关留底申请函。 3、税务机关审批减免。税务机关将对申请减免税款的材料进行审核，以确定是否达到减免税款的条件。 4、签订减免税协议。税务机关与纳税人签订减免税款的协议，并指定减免税款的具体数额以及留底期限。 以上就是有关如何留底税款的详细说明，纳税人在预缴税款时，也可以根据实际情况，提交申请留底部分税款，以减轻财务负担。 此外，纳税人在申请减免时，还需要注意及时更新财务报表，以及税收调整凭证，以确保申请减免税款的材料准确可靠。