根据税法，同一法人公司仍应被视为两个独立的纳税主体，因此A公司和B公司不能共同承担这笔赔偿款。要想共同承担该笔赔偿款，首先A公司需要从B公司获取增值税专用发票，然后A公司可以分开办理认证，支付赔偿款，并完成合规手续。最后A公司需要将赔偿款转移到B公司，按照B公司的增值税专用发票进行结算。 拓展知识：对于法人发生纠纷时增值税缴纳，在金额巨大的情况下，应仔细按法律法规规定办理，分步进行，减少风险。同时，双方在签订合同时也应留意有关增值税的相关规定，以减少双方在纠纷时发生的财务风险。