总公司在分公司独立报税后，仍然需要报税。他们需要报的税务有：1）营业税：总公司需要根据自己的营业收入综合分配营业税，尽最大允许的额度缴纳营业税。2）所得税：总公司需要根据营业收入对每个分公司的报税情况，以及总公司本身的报税情况，计算每一分公司应缴纳的所得税，并由总公司缴纳。3）增值税：总公司如果有进行货物和服务买卖，就应当根据每一分公司的实际销售情况计算增值税，并由总公司缴纳。 以上三种税务是总公司在分公司独立报税后，仍应缴纳的税务。尽管缴纳的税务可能会多一些，但总公司可以的的做法是，通过制定税务筹划方案，最大限度减少税负，增加公司的效率，增加公司的利润。 拓展知识：跨国公司在报税时，除了上面提到的税务外，还会涉及到跨境报税的问题，即跨国公司在不同国家的报税问题。国际税法规定，跨境报税不仅要缴纳国内税收，还安排相关国家税法及政策调整，以减少税负。