可以让分公司出具一份财务证明，证明其已向客户总公司结算过货款。这份财务证明可以当作凭证，即可以让开票方放心地开具发票供分公司凭证，也可以让客户总公司放心地付货款。财务证明应当包含交易时间、交易金额、交易方，以及其他相关信息等内容，由分公司总经理之类的签发即可。此外，如果该笔货款需要经过多方结算，可以让分公司出具收支明细账户，可以更加清晰地表明结算流。如此，便可以避免发票流与资金流不一致的情况发生。