分公司的增值税一般由总公司申报，而非分公司自己申报。具体而言，总公司在征管部门备案后，将对各分公司交纳的增值税进行一次性申报，用一张统一的发票进行结算。据调查，许多公司采用汇总结算方式，以减少分公司的财务报表和财务管理工作负担，提高整个企业的财务整体性体现。另外，企业的增值税结算还有一个重要方面就是税收减免，如果拆分申报，多个分支机构申报减免可能会出现重复减免现象，这一方面可能会带来不必要的财务负担，另一方面，也可能给最终的税收结算带来不必要的外部法律风险。因此，总公司申报增值税的做法更加安全可靠，也能够更好的控制企业的财务负担。拓展知识：在增值税的申报过程中，除了正常的增值税税款，企业还可以申报，补充税款，抵免税款和减免税款等。