根据您的问题，开具付款5万元的发票，从5万元中扣除3000元现金，应开具47000元的发票。 发票的开具由税务缴纳的原则决定：根据《中华人民共和国发票管理条例》第十八条规定，“当事人之间有付款行为，发生实质性经济利益变化时，应当开具增值税发票”。根据这一规定，在支付5000元电子承兑单的情况下，实际会生发生实质性经济利益变化，因此应当开具增值税发票，发票金额是支付的5000元减去3000元现金，即为47000元。 拓展知识：增值税发票是什么？ 增值税发票是指经营纳税人在销售商品、提供劳务的过程中，经按照相关法律规定开具的，具有增值税计税依据的有效财务凭证。发票中包含有销售方购买方信息，和销售商品或提供劳务的细节，以及税收种类、金额、备注等详细内容。