根据公司和A公司之间的合同，确定A公司是否有权直接支付员工的工资。如果有，则在扣除A公司有权向公司支付的款项之后，公司应该在内部账簿中记录A公司的应收账款增加，并将支付给员工的工资记入负债账户。核算时应当本息并行，将A公司的应收账款余额更新到最新水平，以及在负债账户中记录对员工工资的支出。如果没有，公司应该记录应付给员工的工资，并及时从A公司收到款项后，将工资支付给员工。 拓展知识：内账是企业内部信息交换的工具，通过账户的划分、记录、余额变动和合并等来实现资金的流转和使用，进而完成企业的内部事务的结算与统计，最终实现企业的财务分析和管理。