当有股东转的投资款超过注册资本时，应处理如下： 一、检查股东转让投资款是否与有效经营等有关：检查股东转让投资款是否与有效经营活动有关，或者与股东的正常生活支出有关，或者与股东的投资开发有关等。 二、对超过注册资本的投资款，经充分研究后确认以及有充分的法律文件证明的，可以认可为企业的资本； 三、向司法机关提出申请，并依法将投资款纳入注册资本； 四、股东转让投资款超出注册资本时，如果股东没有经过充分审慎，可能需要接受一定法律追究。 拓展知识： 在企业注册资本增加及股东转让投资款时，需要关注企业实际经营活动，以及是否涉及股东股权转让，并且应该签订相关的变更协议，兜住证券及其他投资法律法规的风险，确保合规经营。