自然人代开发票交税应当缴纳增值税。增值税是国家对各种商品和服务的消费行为征收的一种税种，它是一种比例税，其税率主要根据约定的标准和相关规定具体计算而定。一般来说，增值税的税率有征收率与减免税率之分，征收率主要有3%、5%、13%、16%、17%等。另外，根据不同的产品，准备的企业类型和行业，具体的增值税税率可能有所不同。 就自然人代开发票而言，根据《增值税改革实施细则》，自然人代开发票时，非居民企业出发增值税专用发票或普通发票，应按照相应税率征收增值税，具体税率由税务机关按金额、种类确定。一般来说，自然人代开发票，通常是按13%征收增值税。 此外，自然人代开发票，还可能涉及到消费税和营业税，具体税率也由有关税务机关根据各自的税收规定确定。另外，自然人代开发票的税收凭证仅限于发票，不得索取发票，不得重复开具发票，不得开具虚假发票。 而拓展知识：另外，增值税又可以分为一般计税方式和简易计税方式两种，一般计税方式是指企业在销售商品或者提供服务时，根据实际销售的金额确定增值税的应纳税额；简易计税方式是在企业销售商品或提供服务时，按照税务登记的税率，根据销售金额的一定比例，确定增值税的应纳税额。一般来说，从税务处理的成本以及税收的效率考虑，企业建议优先选用简易计税方式来开展相关活动。