是可以设置三级明细科目的，主要是要结合实际情况，建立账套时，根据企业的实际业务及计算税款的需要，创建应交税费-应交增值税项目的三级明细科目，比如应交税费-应交增值税-专票收入、普票收入等，以便对其进行业务处理和数据统计分析。因为税款的计算需要依赖计税依据，一般征管机构规定那些金额与增值税有关系的收入、支出项目都要记录到增值税明细里面来，仅仅只记录两级科目是不够的。同时，三级明细科目的设置，也有助于细化企业对财务管理和报表分析的要求，可以增加企业的报表的瞬时性和准确性，提升企业的财务数据管理水平。