是的，物流企业建设仓库的进项税可以抵扣，即可以从应纳税额中扣除购买仓库建筑物、安装设备所产生的进项税。具体扣除方式为，首先，企业应将采购所得的增值税发票与应付发票一同备案，再填写税前扣除申请表，发票的代码、字号、发票金额、有效日期、发票性质等全部信息一一核对，最后向税务机关提交税前扣除申请表审核通过后，可以按照税务机关的规定税率，抵扣购买仓库建筑物、安装设备所产生的进项税。 此外，还有一种灵活的抵扣方式，即随销税收抵扣。企业拥有“货物进口货物进出口税收优惠管理”资质的，可以从进口货物的一次性抵扣中，发票从跨月抵扣改为月度抵扣。这样可以不同税率之间，提高抵扣效率。 仓库建设进项税抵扣对物流企业来说，是一个很好的税收优惠手段，可以有效的降低企业的税负，但是，不同地区、不同税种的政策不同，所以物流企业想要申请进项税抵扣，最好先了解当地的相关政策，按照要求合理申请，以免影响税收优惠的申请。