这样做是存在风险的，因为只留下甲方和乙方之间的约定是不够的，有可能会遭到税务机关的审计及处罚。由于当时发票的对方并非对公账户支付，就有可能会被认定为虚开发票，从而造成重大税务风险。所以建议应该通过合法的方式办理发票验收，同时在会计凭证中写明甲方委托的具体情况。即使甲方无法给出具体的付款说明，也应该在凭证中提供乙方向其付款的情况及其付款方式，同时还要做好相关的发票、结算单据等，以免出现税务纠纷。