农民工专用账户代发工资账务记账，首先要在其账户中分账户存放，避免将农民工工资混入本厂账户，以免出现混淆不清，避免出现错误作业。 其次，要按照国家规定的薪酬管理规定，有序发放工资，定期对对农民工的账户抽查，定期把工资发放到农民工的账户上。 此外，在发放农民工工资时，应该精确记录、清晰标明发放金额、发放时间、收款人等信息，并妥善保存发放账单，实现账务记账精确、可靠、可查，将其与农民工的账户中发放金额相对应。 拓展知识：农民工专用账户代发工资账务记账，应当遵循一定的法律法规，例如《职工薪酬管理条例》、《劳动保障监察条例》等，以确保农民工的合法权益得到及时有效的保障。