首先，应当查看退款数和留抵的对应账目，对比确认差额的原因。一般有可能是税务机关所缴税款的人民币数额与申请抵扣入抵扣的税款的金额不符；也可能是数据录入有误；或是税务机关确认的抵扣金额有误等情况。 如果是由于数据录入有误，可以通过把原始报表、申请抵扣表、退税凭证等上传至税务机关，由审核机关核实，并通知纳税人修正退款比例，以保证实际抵扣额度获得税务机关确认。 如果是税务机关确认的抵扣金额有误，可以通过申请抵扣重审，把报表、申请抵扣表、税务机关的确认函等提交给税务机关，由税务机关重新审核抵扣金额并修正实际退款金额，以保证获得合理的税费退款。 以上，税收留抵退税差额的解决方法就是查看税收退款数和留抵的对应账目，对比确认差额的原因，并按照上述步骤处理。 此外，在进行税收留抵退税活动的时候，还要注意避免抵扣过多的税款，避免在抵扣时造成金额不符的情况，以保证获得合理的税费退款。