要根据公司的纳税情况来判断是否要申报纳税。依据《企业所得税法》第一百三十八条规定，企业停止经营，自经营期末起五十个纳税日内，应报税务机关申报注销登记。 剩余有250多万的进项发票没有抵扣，可以通过网上营业税及附加网上申报、对账缴款来处理，在属地税务机关注册，并通过审核后，可以在购货单位上进行发票抵扣。此外，如果公司未把发票抵扣完，在参照重点税收管理的要求，企业可以将发票放入抵税盘，以便日后核销。