对于公司收到的注册资本金，税务检查要求认定为借款，计算资金占用费的收入，建议公司先尽可能与税务有关部门协商，了解其所要求的收入计算方法是否与现行税法相符，是否具有有效性。如果有协调的空间，可以向税务有关部门提出公司和股东之间财务上的实际情况，以及如何进行税务筹划，比如在做出支付的同时，公司可以从另外几个方面开始做税收筹划，比如以其他抵税的项目（投资项目、税务有关费用、补贴等）抵扣税款，也可以通过税收优惠政策等有效减少税负。