开工程款发票时，我们一般纳税人必须开带税率的发票。如果与农业部合作，其可以向农业部申请采购免税备案，申请方法是：农业部门出具《农业部政策性农业品采购备案回执》，并附上本单位在农业部备案的营业执照，采购发票等，然后由农业部内部审查批准，最后农业部出具《农业部政策性农业品采购免税备案回执》，由本单位在本单位的票据制度上开具发票时，即可免税纳税。 需要指出的是，除农业品外，其他用品、技术服务和其他有形物品，经农业部备案后，仍需要开带税率的发票。从营改增政策的角度来说，如果本单位需要开具发票时可以减掉税额，则必须符合两个条件：一是购买方（也就是采购方）必须属于“农业部政策性农业品采购方”，二是必须经过“农业部政策性农业品采购备案”，才可以开免税发票。