增值税普通发票被查，一般会有以下后果： （1）财税机构会要求补缴税款，并对已补缴的税款征收追缴利息，直至收取所有罚款、滞纳金、滞纳利息； （2）若企业拒不补税，财税机构将加强稽查、采取行政处罚措施，如转入司法程序，追究法律责任，并依法扣留银行账户。 （3）另外，如果企业被财政机关认定属于逃费行为，发票造假行为，构成偷税漏税犯罪，将受到更严厉的惩罚，甚至可能导致企业的关闭、重组，负责人受到刑事处罚，受到严重的后果。 拓展知识： 在增值税普通发票使用过程中，企业应注意掌握发票的真实性，并严格按照规定使用发票，增加审核程序，及时清理和归档发票，以防被财政机构查实。