在企业与医院之间签订协议的情况下，企业对于发生的体检费用可以通过记账的方式进行做账。企业可在当期体检费用发生的时候，将其纳入费用支出账簿中。该款项可分计提它处理和直接摊销两种方式，具体采用哪种方式需根据实际情况进行确定。 一般情况下，企业应将费用分计提它处理，即将体检费用按整个期间进行分期摊销。企业可将每期摊销费用纳入费用支出账簿，同时将其记入财务报表使用。如果该费用较小，企业可将其当期进行摊销，并直接纳入当期费用支出中。 以上方式只是记账的一种方式，具体的记账和报表处理等方式，还应根据实际情况进行合理的调整。此外，企业还应建立周期性医疗检查账户，定期检查员工体检及保险交费情况，以确保体检费用能及时准确的支付。