这种情况下，如果按照当时有效的《企业所得税法》，外贸公司应当根据小规模企业的发票，低税率结算，进行出口退税。但是出口发票是在小规模企业升为一般纳税人之后，由企业所得税法相关章节规定的，企业按一般纳税人税率开具的。两者之间存在明显的不一致性，可能会影响外贸公司的出口退税。 一般来说，企业必须在向海关申报出口时，提供当时有效的发票。由于外贸公司采购货物并出口是在4月份，5月份企业才升为一般纳税人，现在发票是6月份开具，而海关关税声明要求的发票是4月份当时有效的，因此在该情况下，关税减免声明提供的发票不一致，外贸公司不一定能够得到出口退税。 另外，国家税务总局针对企业升级税率的情况，已经明确规定，受影响的税款需要按照企业更新前的税率执行，而不会因企业升级而改变税率。因此，外贸公司可以根据合同采购货物，按照企业更新前的税率进行出口退税，而不会被影响到。 总之，税务部门认为外贸公司出口发生在4月，其发票开具在6月，小规模企业升为一般纳税人后，无法退税的想法不太合理，在实践中也不符合国家税务部门有关法律法规的要求。