增值税专用发票抵扣后开具红字发票的会计分录是：借方：应交增值税；贷方：预付款，本金，应交税费-增值税专用发票抵扣，应交税费-进项税额，应交税费-预交税费，与税收增值税有关的发票一般都是专用发票，原样发票是增加累计抵扣。发生可以抵扣的情况，抵扣的税金的发票应按规定开具红字发票。红字发票的有效性比较强，可抵扣的效力极大，可以有效抵扣企业预交增值税，从而获得税收优惠，在会计核算中可以减少税收费用、降低税负，拓展知识：如果发票经过了折旧或抵扣，需要到税务机关登记注销，而后可以补开一张红字发票，以便记录和核算使用。