一般情况下，如果同一员工的累计减除费用超过5000元，应按5000元加上超出部分按比例计算个人所得税。对于10月份入职的员工，在申报个税系统中累计减除费用是10000元，但实际应为5000元，即申报个税系统中的累计减除费用有误，此时可以重新提交个税申报表，以更正计算错误的累计减除费用。另外，在申报个税的时候，还需要考虑个税抵扣项目，例如子女教育和继续教育的支出，专项英语学习等，能够有效地减免个人所得税，提高税后收入。