是可以的。同一地区有两家分公司，在签订非个人合同时，由一家分公司作为主体，另一家分公司在开具发票，同样可以平稳运行，既保证了双方的权利义务，同时也保护双方的利益。但是在这样的情况下，首先要确保双方都具有同样的财务能力，另外也要考虑到是否侵犯了其他分公司的利益，总之，要尽量避免出现法律纠纷和财务纠纷。 拓展知识：现在一般企业都会设立一个或多个分公司，而且这些分公司不只是在本地范围内，往往也会跨境而设立，这就要求分公司之间必须建立良好的协作机制，建立企业内部的法律管理体系，以保证企业的运营和发展，同时也可以保护分公司的合法权益。