如果在金蝶做账的时候发现预付账款的科目重复了，首先应该需要确认重复的科目是否有效，如果有效，可以将其中一个科目合并到另一个科目中。如果确认重复的科目都是无效的，那么可以将它们删除。此外，还可以根据具体情况，重新调整科目编号来维护财务系统的科目标准，有助于系统运行的顺利和稳定。 由于财务科目是企业财务管理的核心，金蝶做账下的财务科目分类以及编码规范的编制和维护都要谨慎处理，以免影响企业财务的数据准确性和完整性。此外，企业应定期对财务科目进行审核，看看是否存在账务处理失误，并及时纠正错误，以保证企业财务数据的准确性。