在申报分公司独立核算财务报表季报和年报时，首先要确定是否存在分支机构，如果存在分支机构，就需要按照宗旨来报送独立核算财务报表；如果没有，就可以按照惯例来报送主体公司的财务报表即可。在报送财务报表时，有两种方式，第一种是硬件的，需要将报表打印成光盘或U盘格式，然后到财政部门办理申报手续，第二种就是软件的，即在电子税务局平台上申报，报表可以通过电子版传输到电子税务局，然后在税务机关审查确认，完成申报手续。此外，需要注意的是，在报送财务报表时，需要对表中数据进行严格的审核，以避免出现申报不当的情况。 拓展知识：在分公司独立核算的情况下，建议企业定期对分公司的财务报表进行审计，以确保报表的准确性和及时性，对财务报表中发现的问题及时进行解决和修改，以避免企业遭受不必要的损失。