非盈利机构科研经费的入账方式主要有两种：一是现金入账；二是银行转账。 现金入账：企业到非盈利机构汇款时，可以开具公司出纳支票或现金，然后收款方持收款凭证报销给企业，入账时，支付的科研经费应记账“应付账款”。 银行转账：企业可以在网上转账，通过银行转账向非盈利机构支付科研经费，入账时，应将转账金额记账“银行存款”。 除以上两种入账方式外，还可以通过股份交易、债劵交易等方式向非盈利机构支付科研经费。但这类入账方式需要适用相关政策，符合相关法律法规，另外，也会涉及到相关的股票或债券交易结算，所以，入账安排也会复杂许多。 拓展知识：企业支付给非盈利机构的科研经费，都应当履行捐赠义务，由受捐赠人证明这笔经费来源合法，准予税务机关减免相应的企业所得税。另外，企业还可以通过科研支持计划，向非盈利机构提供技术支持，以实现科研成果的共享和落地。