首先，按照相关法规，农村专业合作社使用农村专业合作社会计准则和小企业会计准则的会计准则是不同的。根据《会计准则》第六号，农村专业合作社会计准则仅适用于农村专业合作社，即只能用于农村专业合作社的会计处理和财务报告制作，禁止将其用于其他类型的企业。因此，农村专业合作社使用金蝶做账，应该选择农村专业合作社会计准则。 但是在电子税务系统，申报是小企业会计准则，实际上，这两个会计准则仍有一定的区别，不能完全对应，可以根据不同的会计科目，采用适当的变通方案，将农村专业合作社会计准则与小企业会计准则相结合，在财务分析、税务申报等方面有针对性地进行处理。 此外，在做账时，要结合企业实际情况，选用合理的会计准则，以保证财务报表的真实、准确。此外，要加强对会计准则的把握，以及不断的学习和了解，以免出现会计失误。