在这样的情况下，甲公司和乙公司可以签订担保协议，乙公司将支付的投标保证金视为担保，甲公司负责对其负有偿还义务，并保证通过投标项目取得的收益足以偿还乙公司支付的投标保证金。此外，甲公司还可以提供其他的担保，比如向乙公司押房、车、黄金等，以保证乙公司的投标保证金得到补偿。同时，甲公司也可以与乙公司签订保证合同，如果投标项目失败导致乙公司把投标保证金支付给甲公司而不能收回，那么甲公司应该按照保证合同的约定向乙公司偿还投标保证金的赔偿款。 以上就是甲乙双方就投标保证金误付的处理方法，上述担保措施均符合当今市场的合同法规定，并可供双方参考。此外，凡是涉及到金钱交易的事情，最好还是使用银行转账，通过银行存款或支付系统等方式，追求更高的安全性。