根据《中华人民共和国企业所得税法》，总公司和分公司在不同管辖区的，是可以进行独立核算的。小规模纳税人独立核算所得税的情况下，应该由分公司自行申报，且不需要办理所得税汇总纳税备案；而总公司仍需执行合并申报，适用合并纳税的处理办法。新修订的《企业所得税法实施条例》第二十八条规定，企业会计制度设置分支机构的，分支机构类型包括分公司等，分支机构应当开展独立核算。分支机构应当依照法律法规自行申报及缴纳所得税，具体操作方法由分支机构所在地税务机关根据《国家税务总局关于加强分支机构的所得税管理的通知》，依据地方法律法规、规范性文件制定。拓展知识：企业所得税汇总纳税备案是企业税务机关审定后，可以申请汇总纳税的企业建立的申报登记，是企业税务机关检查企业分支机构申报情况的重要依据。