根据《农民工工资支付管理办法》中规定：总承包单位通过专户发放农民工工资，农民工工资由总承包单位报税，也就是说总承包单位对农民工支付的工资，需要由总承包单位一次性向税务部门缴纳社会保险费用及个人所得税，不论是否分包，总承包单位需要完成发放工资和缴纳费用的手续，总承包单位仍然有责任安排付费事宜，包括社保费用和个人所得税，这一责任都是不可推卸的。此外，对于总承包单位和分包单位均需要缴纳的工伤保险费，则由总承包单位或分包单位根据分工安排缴纳。以上就是总承包公司代发工资对应的个税和社保的处理情况。 拓展知识：农民工的工资支付实行专户结算。总承包单位作为支付农民工工资的单位，必须与金融机构开设专户，将农民工工资支付到民工专用帐户中，防止农民工工资被拖欠。各地也要合理配置财政资金，支持总承包单位开设专户，确保农民工工资及时发放。