施工单位开具专用发票的税率，一般为增值税3%，另外还有城建税收有特别规定，按照国家规定，增值税和城建税的比例为3：1，其中增值税3%，城建税收1%，实际缴纳的税款总额为4%，具体政策要以国家最新规定为准。 除此之外，一般来说，施工单位还需要为房屋配套施工支付业主相应的服务费，服务费的数额可在合同中约定，而且施工单位可以根据施工涉及的范围和金额，把服务费和相应的税收一同支付，比如施工单位支付的税款部分，可以在施工合同中约定，户主可以把应支付的税款作为服务费的一部分支付给施工单位。