股权转让的个人所得税可以从公司三方协议扣除，但是需要符合国家税收政策的相关规定。具体情况可能因法律规定的不同而有所不同。 在中国，个人股权转让所得受到收入税法规的管辖，并根据《个人所得税法》、《个人所得税暂行条例》等法律法规规定，所得者应缴纳税收。根据《个人所得税法》第十条的规定，从股权转让的收入中可以从扣除一定金额的起征点以下的收入在计算所得税额时扣除，即从公司三方协议扣除部分个人所得税。 不过，股权转让过程中，受让者还需要提供受让人和转让人的证明材料，转让完成后还需要在规定的时间内向税务机关申报和缴纳个人所得税，以免出现纳税纠纷。 此外，为了获得最大的税收优惠，建议把股权转让所产生的个人所得税作为工资收入的一部分在税收申报时缴纳，以获得税收减免的最大优惠。