土地增值税的计算方法为：增值额×增值率×征收率＝应交增值税。在该房地产开发公司的情况下，增值额=转让取得含税收入15000万元-土地出让金3000万元=12000万元；增值率根据当月销售合同中发票列明的不含增值税的收入13761.47万元，根据当地政府规定的扣除比例为10%，计算出增值率为90%；征收率根据当地政府规定，本案例中应为3%。 根据以上数据，计算该房地产开发公司应缴纳的土地增值税额为：12000万元×90%×3%＝324万元。 除了土地增值税，该房地产开发公司还应该缴纳城建税、教育附加和地方教育附加、印花税等费用。此外，若该公司是小规模纳税人，还可以在增值税税费中享受小规模纳税人减免的优惠政策。 拓展知识：土地增值税是指土地出让金以外的土地交易收入所征收的税种，通常是指土地买卖、租赁及土地使用权的交易收入所征收的税收。