独立核算和非独立核算的区别在于企业税收申报的具体方式不同。独立核算的企业各个分公司的财务报表需要各自单独编制和申报，比如涉及增值税，企业所得税等均需要单独申报和缴纳；而非独立核算的企业，各个分公司的财务报表需要汇总产生总公司的财务报表，增值税，企业所得税等具体税收也是按照总公司的财务报表申报和缴纳。 拓展知识：除了增值税和企业所得税，非独立核算的企业还要进行汇总申报材料，包括资产负债表，现金流量表，利润分配表，所有者权益变动表，财务报表报告等等，这些以总公司报表为主财务报表报告需要每年报送给税务机关。