深圳个体工商户每月给法人发工资50000的话，要按照税收法关于个体工商户营业税的规定，在每月结束后，按照收入的40%计征营业税。具体税率为1.2%，税额1000元（50000*1.2%）。除此之外，根据当地相关规定，还要额外缴纳教育费和城建税。教育费为500元，城建税为800元，总计应交税金为2300元。 此外，对于每月收入50000以上的个体工商户，还必须履行财务报表审计程序，报送财务状况，如未完成报表审计，则可能被视为规避纳税，从而面临追缴税款，支付高额罚款的处罚。