一般来说，员工的专项附加扣除是在年底申报的，个人在申报时也要参与到其中。一般情况下，每个员工可以在纳税申报时，去把劳动所得的专项附加扣除自己的税额，减少自身的税负。 个人操作也好，公司申报平台上操作也好，其实程序都是差不多的，都是需要按照国家规定把当年应纳税所得额减去已经缴纳的税款，再减去专项附加扣除，最后得出应纳税额，再按税率计算出税额。 除了专项附加扣除，平时也要了解下个人所得税法中的免税额，免抵扣额，和税收优惠政策，以减少纳税负担。比如有的小微企业有一定的减税政策，不仅可以减少企业的税收负担，也可以让员工有一定的收入。