在科目管理中，删除新增的下级科目的操作中如果出现“该科目存在凭证，请删除凭证删除”这一提示，则说明新增下级科目存在被凭证引用的情况，此时应首先检查该科目是否存在被已有凭证引用的情况，如果有，则需要先删除该科目被引用的凭证，然后再删除新增的下级科目。在删除新增下级科目之前，也可以先暂时将该科目禁用来替代删除，但是有时候暂时将科目禁用也可能会出现错误或者被系统忽略的情况。因此，最好的解决办法就是先将被引用的凭证删除，然后再删除新增的下级科目。另外，对于已有的科目凭证，还应当确保它能够正确地记录公司的财务状况，同时保证账目准确性。